《新世纪福音战士：死与新生》作为电影版的新世新生第一部，由“死亡篇”和“新生篇”两部分构成。纪福在“死亡篇”中，音战故事以原动画第1集到第24集为基础进行重新剪辑，士死回顾了初号机面对巨大使徒的新世新生激烈战斗以及驾驶员们的心路历程。最终，纪福在第十七使徒被消灭后，音战SEELE向NERV发出命令：由初号机执行“人类补完计划”。士死然而，新世新生碇元度拒绝这一命令，纪福这引发了SEELE对NERV的音战彻底摧毁。在“新生篇”中，士死夜晚降临，新世新生NERV本部突然遭受战略自卫队的纪福袭击。一场无情的音战大屠杀席卷整个基地，无辜人员惨遭杀害。为了保护驾驶员，葛城美里决定让精神崩溃的明日香驾驶二号机，并将其沉入湖底深处以求安全；而她则亲自前往救出处于心理边缘的碇真嗣。这场突如其来的变故不仅揭示了SEELE与NERV之间不可调和的矛盾，也给观众带来了更加深邃的心理冲击。
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